Setelah gagal merebut trofi juara dunia musim ini,The Doctor meminta pabrikan Jepang menciptakan motor yang lebih kompetitif untuk menyaingi Honda. Musim ini, Yamaha gagal mempertahankan gelar juara dunia yang musim lalu diraih Jorge Lorenzo. Tim Garpu Tala gagal bersaing di paruh kedua 2016, kendati sempat mengasapi Honda di awal kompetisi. Tengok saja di tujuh seri perdana di Qatar hingga Catalunya, Yamaha dapat lima kemenangan sementara Honda cuma dua. Rinciannya, Rossi mengemas dua kemenangan di Jerez dan Catalunya, sementara Lorenzo tiga kemenangan di Qatar, Prancis, dan Italia. Sisanya di Argentina dan Amerika,The Baby Alienjadi pemenang.Namun semuanya berbalik ketika memasuki paruh kedua musim. Yamaha tak pernah menang lagi sejak Catalunya, sementara Honda mendominasi dengan mendulang enam podium kemenangan, sisanya direbut Suzuki dan Ducati.Bukannya Yamaha tak menyadari penurunan performa tersebut. Di pengujian Brno, Republik Ceko, Rossi dan Lorenzo diberi komponen anyar berupa sasis dan swing-arm baru untuk YZR-M1. Tapi nyatanya, terobosan itu dinilai pembalap Italia belum mampu menyelesaikan masalah.Jika dibandingkan dengan Honda, Marquez justru terus meningkatkan kinerja motor RC213V dengan baik. Meski terseok-seok di pra-musim, pembalap Spanyol bisa mendapat motor yang kompetitif seiring berjalannya musim, terutama sejak di Barcelona.Hingga akhirnya, kekalahan Yamaha atas Honda benar-benar terjadi di Grand Prix Jepang akhir pekan lalu. Ketika Rossi dan Lorenzo terjatuh di Sirkuit Motegi, Marquez justru keluar jadi pemenang untuk mengunci titel juara dunia 2016. Jelang bertarung di seri balap Australia, Minggu (23/10/2016), Rossi menilai terobosan yang dilakukan Yamaha di pengujian tengah musim gagal berdampak positif. Untuk itu, ia meminta pabrikannya menciptakan motor baru yang lebih bersaing musim depan. "Masalahnya, terutama dibandingkan dengan Honda, adalah sepanjang musim kami dapat perangkat baru, tapi sayangnya kami tidak bisa membuat langkah seperti yang kami lakukan di musim 2015dan 2014," ujar Rossi seperti dikutipCrash, Kamis (20/10/2016)."Di akhir musim tersebut, kami sangat kuat. Tapi, musim ini kami tidak mampu melakukannya. Kami perlu membuat langkah yang lain dan saya kira kami baru bisa melihat motor (2017) di pengujian Valencia, setelah seri balap terakhir,"Kami selalu berdiskusi dan coba memberi pengalaman saya untuk mengembangkan motor. Hubungan dengan Yamaha setelah melewati banyak musim sangat bagus untuk membantu mereka,""Mereka banyak mengerjakan bagian mesin dan sasis, tapi saya tidak tahu apapun soal motor baru. Akan sangat menarik melihatnya sebab kami memulai musim ini dengan mengoleksi sangat banyak poin," tegasnya.
